Wraz z wejściem ustawy z dnia 7 listopada 2008 r. o zmianie niektórych ustaw w związku z wdrażaniem funduszy strukturalnych i Funduszy Spójności została znowelizowana procedura odwoławcza od negatywnej oceny Instytucji Zarządzającej. Podstawowa zmiana proceduralna dotyczy dodatkowej możliwości kierowania skargdo sądu administracyjnego (w miejsce cywilnego) i do Naczelnego Sądu Administracyjnego, ale po wyczerpaniu procedury odwoławczej, określonej w systemie realizacji dla każdego programu operacyjnego. Złożenie skargi możliwe będzie w zakresie kwestii związanych z naruszeniem prawa przez właściwą instytucję w trakcie oceny projektu. Założeniem jest również nie wstrzymywanie całej procedury konkursowej na czas trwania procedury odwoławczej w konkretnej sprawie. Projekty już zakwalifikowane do dofinansowania będą podlegały dalszej procedurze oceny, aż do zawarcia umów.
Powrót